在多尔衮收到商家军在大沽口登陆消息的第二天，就立刻再次向南方下令，调洪承畴、多铎北返，驰援北京，并限两个月之内，至少要调十五万大军回来。而撒军之后，清军大部都可以退守到长江以北的地方驻守，长江以南的地方，可以由洪承畴、多铎自行商议酌情放弃。
现在清廷在南方战场投入的兵力接近五十万，调十五万左右的兵力回援，南方剩下的约三十五万左右的兵力了。而现在商毅正在全力进攻南京，并花废了这么多的力气，因此在清军撤之后，南京肯定是守不住了，另外清军占领的其他地方也需放弃一部份，按多尔衮想法，是主要保住江北地区，而江南地区，则能保多少算多少可。
这样一来，等这一次的战事结束之后，南北的局势大致将恢复到第二次南征开始前的状态，清军基本占领了长江以北的大部份地区，对南方依然保持着一定的军事主动权。至少在以后还可以再度发动南征。
而现在也只能严守北京但随着商家军在北京周围四处进攻，多尔衮也有些沉不住气了，又连下了两份调令，催促洪承畴尽快调兵北返。好在是二天以后，博洛已经带领一万人马赶到了北京，而阿济格的人马也到达了锦州，多尔衮这才稍稍有些安心。也立刻下令让博洛领这一万人马驻守通州