下令将城中的居民十五岁以上，四十五岁以下的男子全部都编组成军，一下子就扩充了近五万人，发给武器，进行短期训练，平时付责修筑工事，在商家军进攻时，也要全都参加战斗。同时也把年轻妇女都组织起来，付责做饭洗衣照顾伤员等后勤事务。
同时多铎虽然没有勇气放商家军放进城里来打巷战，但对南京的防守也布下了三道防线，第一道是在南京的城墙外，依托城外的山河湖泊布置，主要集中在二湖二山一坛，二湖是指莫愁湖和玄武湖、二山是指神烈山和聚宝山，一坛是指东南角的天坛。
多铎下令，由郝效忠守聚宝山；李思忠守莫愁湖、佟岱守神烈山、土国宝守玄武湖、夏成德守天坛、在这五处驻点都派驻了一万人马，另有五千民兵驻守，不过人马中只有满汉军各一千五百人，其余全是降军，当秸其中包括有三十门火炮，一千支火铳等武器。并且修筑了大量的防御工事。
第二道防线就是南京的城墙，这也是多铎寄于了厚望的一道防线。
而第三道防线是在南京城内的皇宫，同时也在南京城内的各条河流边上，主要的街道上也都修筑防线，准备等商家军攻入南京城里之后，一面守卫皇城，一面和商家军进行巷城。这一点多铎到是参考了不少在十个月以前，商家