守司。因为现在还不是自己称帝的时候，冒然住在皇宫里，恐怕又引起诸多的不便。
这时南京城里的清兵基本都清剿干挣了，而在战前被清军征调的百姓和民兵，只要是查实了身份，都被放出。不过就是这样，现在整个南京城里的居民也只有十多万人，比当时清军刚刚占领南京的时候，也好不到那里去，毕竟在一年时间里，连续经历了两场大战，南京也确实是元气大伤了。
而在未来的数年内，这里都可能会是自己的行政核心，因此从现在开始，也就要着手进行南京的重建工作，恢复南京昔日的繁荣。
商毅首先下令，各军仍然按自己进攻南京的方位，撤离出南京城去，在南京的外城驻扎，并且救治伤员、补充修整，而在南京城，只留第一军的第一、七两个师驻守，维持城中的秩序。
然后对南京城中现存的百姓进行登记造籍，并指定地方集中居住，以便于管理，同时对百姓的口粮和生活需求物资，按户籍人口，统一调备供应。而多余的地方都要空出来，慢慢向南京移居人口。同时也要求百姓们尊守秩序，凡事有趁乱抢劫、偷盗窃取者，一率严惩。
这一条令当然也受到了百姓们的一致拥护，因为清军守城时，把百姓家里的粮食、银钱、布匹、盐等等物资全部