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淮南军区，司令部设在凤阳，由原来的第一军组成，司令员成进，副司令员赵英杰；参谋长尤洪亮。下设四个军：总兵力九万八千人。
第一军：军长苏建林，辖第一师、第五师、第二十九旅。
第十一军：军长程培经，辖第七师，第二十师。
第十五军：军长程培经，辖第二十四师，特种兵旅、第一旅。
第十八军：军长黄绳武，辖骑兵师、第五旅、第十九旅。
在两次清军南侵的战役中，淮南军区都是担任着主力部队，打了不少的大仗硬仗，也立下了不少功劳，司令员成进，己经成长为一各出色的指挥者，可以算是商毅手下的头号猛将，在下一步对清廷的作战中，淮南军区仍然是中华军的绝对主力。
江西军区，司令部设在赣州，由原来的第二军组成，司令员罗远斌，副司令员王信；参谋长刘伯涛。下设三个军：总兵力七万二千人。
第二军：军长吴礼林，辖第三师、第三旅、第八旅；
第十二军：军长刘远报，辖第四师、骑兵师；
第十六军：军长郑广明，辖第六师第九旅、特种兵旅。
江西军区的实际范围并不仅仅只是江西一省，南京政府的南部地区，使南京政府在与清军作战时，