北京，只有商毅。因此这一条等于是为商毅量身定做，但谁也无法提出反对意见来，毕竟不能说自己收复不了北京。
而对南方除商毅之外，唯一一个真心想和清军作战的郑成功集团，商毅也在私下答应他们，下一次与清廷作战，一定会叫上他们一起出兵。并且在长江北岸的沿海地区，也让出一个地方，供郑军驻军，屯积粮草物资。因此郑成功集团也全力支持这项协议。
当然还有一些其他的次要内容，比如各方都将开放各自的边境地区，互相通商往来，降低关税，流通商品贸易；允许《杭州时报》在其他三个朝廷内自由发行；南京政府也邀请三个明藩朝廷派遣官员，留驻南京，以便于互相联络沟通等等。因为这些事项并不涉及各方的根本利益，到也并没有引起多少争议，很快也就确定下来了。
这份在后来被称为是南方抗清统一战线形成的标志性文件，也就是这样被捣鼓出来了。而在后来的档案、历书中，将这件文件称为《南方联盟协议》。
各方代表在协议上签好名之后，也都带着各自的一份协议，离开南京，返回自己的朝廷。不过在各自的朝廷中又都引发了一场争论，有人赞成、也有人反对。不过各方的实权人物心里都清楚，现在南方三朝廷根本无法与商毅相抗衡，