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到这个时候，日本已经是一个拥有近二千历史国家，尽管现在日本整体发展水平还远不如中国，但也进入封建时伏，并已经形成了自己独有整体民族性格，宗教、国家概念，无论徳川幕府分封了多少个大名，但们都承认自己是属于日本这个共同名称。
而菲律宾现在根本就还没有形成一个真正意义上国家，菲律宾这名称，还是西班牙殖民者给取得，是为了记念西班牙国王菲利普二世，在此之前，中国称呼这里为吕宋，一直到了商毅穿越之前那个时代，马尼拉所在岛屿，还被称为吕宋岛，而在菲律宾群岛本土居民，严格来说还未完全脱离原始部落习性，根本没有任何整国家观念。
有文化地方才是最难征服，因此想要征服日本，不是打一二次胜仗就可以，而是一个长期过程。但相对菲律宾，却要简单得多了，当年西班牙人万里渡海，人数不到一千名士兵，时间不过十几年，就可以完全统制这片群岛了。而中国优势比西班牙大得多，当然也更容易多了。
另外从战略角度来说，日本、琉球都是中国近海位置，而菲律宾最是位于中国大陆南端，东临太平洋、西靠南中国海、西南直通巴达维亚，东南可以远眺澳大利亚，是中国走出大陆限制，正式通向海洋，参与大航海竞争重要