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蔡锷没有多在乎唐继尧，很快把精神投入到国防部成立的草案上。这份草案是吴绍霆在军事联合会议成立之时便开始构思设想，以北洋政府陆军部、海军部的构架显然不适用于南方军事体系。尽管“国防部”的名号叫得响亮，可吴绍霆有信心彻底打垮北洋政府，让执政府成为中华民国的法统政府。
在这份草案里，吴绍霆决定将国防部分为四大权力部门：其一是国防部办公厅，属于国防部文职单位；其二是参谋长作战室，由各军最高参谋长组成，旨在协调各军之间的作战指挥，几乎可谓是精简过后的军事联合会议；其三是战区司令部，负责规划全国乃至全球战区，每个战区单独成立该区司令部，不同战区司令部掌管所辖战区内的所有军务，而各战区司令部之间则由参谋长作战室协调；其四是各军事部门，分别是陆军部、海军部、空战部以及虚设的海军陆战部。
这四大权力部门是国防部第一级机构，所有人事任命均有国防部长和副部长提名，经执政官审核签字之后生效任职。而在四大权力部门之下的单位，比如隶属于办公厅的国防财务部、后勤部，又或者是隶属于参谋长作战室的情报单位、武器开发单位，则由四大权力部门的部长自行任命。
吴绍霆见蔡锷等人的差不