陆续开进金州之后，第五师团已经失去了撤离旅顺的最后机会。对于第五师团来说，在经历了青岛战争时期的大轰炸后，面对早有准备的中国军队兵临城下，他们甚至连主动发起进攻的信心都没有。
日本陆军省和参谋本部在这件事上一直感到很懊恼，只能指责中国单方面突然开战，导致整个计划都被阉割了最主要的一部分。参谋本部不得不承认，第五师团现在成为了瓮中之鳖，更贴切的来形容就是成为了中国的人质。以第五师团的兵力，即便动员旅顺的所有侨民参与作战，最终只能是被动的防守，如果在中朝边境的正面战场上无法奠定优势，第五师团永远不可能发起反攻。
不仅如此，日本海军还要分担更多的压力，第五师团常备兵力一万多人，总不能眼睁睁的放弃他们不闻不问，既然失去了南满铁路的陆地交通线，那就只能依靠海上运输来为第五师团提供后勤保障。虽然从六月五日开始，趁着德国远东舰队还在准备期间，日本通过雇佣第三国商船紧急向旅顺输送了几批物资，可这些只能应付一时之需。
从六月十日开始，中国宣布了渤海、黄海军事限制令，规定辽东半岛附近沿海属于交战区，所有未经许可的船只禁止靠近军事限制海域。这天开始，旅顺要塞彻底陷入交通瘫痪，而