，首当其冲便是国防问题了。新政府的国防问题是孙黄二人当前最关心也是最插不上嘴的，因为陆军部总长段祺瑞不是李汉的人被他排挤在了核心集团之外，所以国防问题由蒋方震亲自讲解，他是李汉任命的总统府下属总参谋部的总参谋长，国防问题上比段祺瑞还有发言权。
很让人意外的是，新政府的国防体系其实并不是出自李汉又或者蒋方震之手，而是暂时还在北京为袁世凯守灵的另一位国内军事大家——蔡锷、蔡松坡。他虽然几次拒绝了李汉的邀请，不过还是通过老同学蒋方震将自己那份原本递给袁世凯，却还没来得及施行的国防纲要又给了李汉。毫无疑问，他的国防纲要虽说在空军跟机械兵种的规划上先天性存在短脚。但是却十分有先见性的提出了建立隶属中央直接指挥的统一国防军体系，组建参谋体系，在国内划分西南国防军区、东北国防军区、外蒙国防军区等诸多非常有先见性的提议，与李汉跟蒋方震二人的观点不谋而合。
最终，新的国防体系建设李汉点头，总参谋部正是按照蔡锷的草稿，进行了合理规划、修正了一些不足之后直接采用。
按照蔡锷的方案，整顿跟组建国防军体系将大致分为三个阶段共十年。第一阶段，建立全国统一的国防军体制，分出地方军、中央