指挥并部署协调各军种、军区、战区及各种武装组织的作战行动。有的总参谋部还负责拟定和组织实施武装力量建设计划，掌管军队的组织建设、装备计划以及军事训练、行政管理等事务。蔡锷显然对德式的总参谋体系十分推崇，不过也增加了许多自己的看法，比如他认为总参谋部在和平时期需定期（每三个月）召开一次会议，除了交流军队的训练跟装备情况外，还需要研究跟制定有关周边各国的军事部署等，这一点很有先见性。除此外，第二阶段也是最重要的一个阶段。蔡锷认为以中国的地大物博，至少需要编练70-90个国防正规师，拥有一百二十万上下的兵力，才足够防御来自英法日俄四个在陆地上同中国接轨的列强国家的觊觎。除此外，还要拨发巨资重建北洋、南洋海军庇护国防。在蔡锷的计划中，这一阶段将持续五年甚至更久，要视国家的财政情况跟中央与地方实力派的强弱而定。
有关编练军队这一点上，李汉跟蔡锷之间有些分歧，他主张暂时牺牲海军，以延后十年甚至二十年发展海军，来换取足够的资金建设大陆军，因为一般情况下，一艘之前他曾有意跟美国购买的老旧弗吉尼亚级战列舰，一艘的价值便足够装备一个半的德式陆军师，更好一点的康涅狄格级战列舰一艘造价便抵得上近一千