西南王唐继尧在国防军的武力威胁，同样也是收到了他的老师蔡锷的信件，有他从中调停之下，在西南军区总司令跟云南省长的选择上，唐继尧选择了西南军区总司令，但很快他便为自己的选择而后悔。到15年底，国防军在云南的驻军总人数虽然只有两个师，但是他的嫡系两个师已被调往贵州及广西被打乱重编，在云南省内他真正能指挥动的只有自己的嫡系师。他这位总长西南三省军务的总司令实际上已被架空。
跟他遭遇同样困境的还有原隶属国民党的武装，陈其美、许崇智、陈炯明三部共有四个师的兵力。只可惜在其他南方武装或被投降或被击败之后，作为国会第三大党的私人武装，李大总统先是在国会恶人先告状，以为解除内战之祸根，需收缴全国之兵统归陆军部指挥，要求国民党将四师武装指挥权移交给陆军部。遭到拒绝后往江西、浙江短短一个月内调集六个师，先后共调集八个师的兵力。
至七月，在国民党两大元勋孙雯、黄兴先后接到李大总统的亲自拜会游说并据理力争后，最终国民党最终做出妥协，命令陈其美、许崇智、陈炯明三部各自解除防备，向国防军移交防务。许崇智最先做出的妥协，将他其指挥的闽军一师防务移交国防军。受其影响，陈炯明也最终做出了妥协