年十二月初六，顺治皇帝还特意为董鄂氏举行了隆重的册妃典礼，并下诏大赦天下。终清一朝，这是唯一一次因册立皇贵妃而大赦天下的例子。
董鄂妃温婉贤淑，对政治并无兴趣，但由于皇帝对她的宠爱，她的一举一动给清初政局带来了巨大的影响。尤其是当她生下皇四子后，顺治皇帝更将她们母子捧到了天上，并一心要立皇四子为太子。倘若真是如此，董鄂妃之子将来为皇帝，董鄂妃将来就是皇太后，势必对满蒙贵族间的政治关系构成威胁。孝庄太后从长远的利益着想，决意置董鄂妃于死地，但以她的老谋深算，自然不会明目张胆地下手。她有意在董鄂妃刚刚生产之时，宣称“圣体违和”，养疴于南海子，并要后妃们随身伺候。董鄂妃不敢悖旨，被迫拖着极度虚弱的身子前往南海子，没日没夜地侍奉太后的寝食，经过一番折腾，健康状况急剧下降，很快就“形销骨立”。不久，董鄂妃的儿子早殇，不少野史记载说这名尚不足百日的皇子是被毒死的。皇四子之死对董鄂妃的打击是致命的，她很快就倒下了，从此缠绵于病榻。
正因为董鄂妃的病情以及后宫复杂的矛盾，导致顺治皇帝在顺天科场案结案后没有立即追究江南科场案。皇帝没有心情，刑部自然也没有太当回事，有意迁延观望。