望，颇受百姓爱戴。正因为马新贻政绩突出，次年左宗棠西征之时，便由他接任了闽浙总督。升迁速度之快，令人大跌眼镜。
此时的马新贻，尽管实力上远远不及，但在声势上已经如同前任左宗棠一般，隐隐然有与两江总督曾国藩相抗之意。不久，东、西捻军先后平定，清廷长松了一口气，急不可待地开始考虑督抚的调动问题，其实最首要考虑的就是如何让令朝廷寝食难安的两江总督曾国藩离开两江。经过一番商讨后，由恭亲王奕?出面，力荐马新贻接任两江总督兼南洋通商大臣，理由是：“马新贻精明强干，操守亦好。他在安徽服官多年，对两江地方最熟悉。剿捻的大功告成，淮军裁遣回籍，非得要马新贻这样的人，才能把那些骄兵悍将妥为安置。”原两江总督曾国藩则调任直隶总督。
当时的八大总督中，以直隶总督地位最尊，其次是两江总督。但论实权，两江总督却要排在第一。而直隶总督虽位列各地总督之首，但地近京畿，上有朝廷，下有顺天府尹，位尊而权轻。加上同时兼任北洋大臣，须常驻天津办理洋务，并不是一桩轻松的好差事。
马新贻升官速度快得匪夷所思，在不到两年的时间内就由二品官升到了疆臣中最有实力的两江总督，实在令人吃惊。当时他才四十七岁，