颜士璋回到老家后，写了一本《南行日记》，记述了跟随郑敦谨赴江宁审案的全部过程。他的曾孙颜牧皋曾经看过这本日记，说其中白纸黑字地写着：“刺马案与湘军有关……刺马案背后有大人物主使。”
当时也有不少人认为刺马案肯定与湘军有关。曾任江苏巡抚、湖广总督的郭柏荫对孙子郭公铎说：“张文祥行刺有幕后怂恿者，应是这一类人物，最初有意制造流言的，也是他们。”二话如出一辙——马新贻表面死于流浪汉张文祥之手，其实是死于湘军之嚣张气势。
对于马新贻被刺的原因，李鸿章曾感叹说：“若七年秋不妄更动（指同治七年马新贻上任两江总督一事），或谷山（马新贻字）僻在海滨（马新贻原任闽浙总督），竟免斯厄。每读负乘致寇之语，不禁瞿然。江介伏莽最多，非极威重，不足销无形之隐匿也。”（《李文忠公全）大概的意思是说，马新贻接了本不该属于他的两江总督位置，这就是他必须死的原因。可谓一语道破了天机。
而一度被怀疑是刺马案最大主谋的曾国藩则稳坐两江总督宝座，直到两年后死去。两江总督宝座从此长期掌握在湘军一系手中，其他人丝毫不敢染指问津。尽管曾国藩及其继任者最终并未割据分权，但“重地方、轻中央”政治局面的