一到杭州，浙江巡抚杨昌浚就派人来告知说：“此案已经反复审问多次，无偏无枉，不宜轻易改动，不然引起士林不满，地方官吏今后也难以办事了。”这实际上是一种威胁，既是说给胡瑞澜听的，也是说给朝廷听的。
胡瑞澜看了几天卷宗，也看不出个所以然来。他也知道自己从没审理过案件，能耐实在有限，所以又临时选了宁波知府边葆诚，嘉兴知县罗子森，候补知县顾德恒、龚世潼四人共同审理。特别要强调的是，这四人均由杨昌浚向胡瑞澜推荐，其中边葆诚和罗子森均是杨昌浚湖南同乡，边葆诚还是余杭知县刘锡彤的姻亲。胡瑞澜这位老夫子，办事堪称认真，但他一上来不是查看案件源头，而是抓住了杨乃武写的申诉状不放，所以这次复审从一开始就偏离了方向。
经过紧锣密鼓的调查后，胡瑞澜发现杨乃武申诉状中有许多捏造的事实，正是前面所提到的，如小白菜与粮胥何春芳有奸情等等。甚至连之前长工王阿木冒名王廷南到都察院递交申诉材料都被胡瑞澜穷追猛打地挖了出来。在这样的情况下，胡瑞澜认为杨乃武有意欺瞒，一心要掩盖事实、销证灭迹，因而提审犯人过堂时，胡瑞澜命人对坚持翻供的杨乃武和小白菜动用了酷刑。杨乃武双腿被当场夹断，小白菜的十指也全部被拶脱，