的幸子小姐》的‘祈福’仪式可以让人到达天神小学，进去的人会被怨气所侵染，慢慢黑化、狂暴，相互猜疑并杀害他人，兼之还有恶灵徘徊杀人，很少有人能活着出来，死者越来越多。
【死神小学生杀人事件】
高中生侦探工藤新一在与青梅竹马兼女友毛利兰一起去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣男子。在跟踪他们到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒，并灌下一种名为APTX4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态！
考虑到要是黑衣人知道他还活着的话，必将使周围的亲朋好友受到牵连，于是新一化名为“江户川柯南”寄住在女友毛利兰的家中，以阿笠博士发明的工具借用毛利小五郎的名头一边杀害RB人……啊，不对，一边破凶杀案一边寻找黑衣人。
某日，铃木园子上网碰巧看见《幸福的幸子小姐》的‘祈福’仪式，提议和好友毛利兰来这么一次，刚好来毛利侦探事务所找柯南玩的吉田步美、小岛元太、圆谷光彦也乐呵乐呵地要加入进去，尽管柯南和灰原哀顶着一副“这种迷信的东西有卵用”的死鱼眼，但还是被朋友们逼着一起进行‘祈福’仪式。
于是，他们全