原本是南方联盟国的西部战区总司令，然而，也是他时运不济，刚上任的时候，正好是面临北方军的连续进攻，南方军在西部战场节节战败，总体上处于绝对劣势。
本来约瑟夫。约翰斯顿还想力挽狂澜，制定了一系列有效的战略计划，希望通过收缩部队来减小损失，然后集中兵力等待时机，避免被对方各个击破。
只可惜手下的各个军团指挥官却不听他的，尤其是彭伯顿，根本就不理会他的命令，最终导致了格兰特用速攻的方法各个击破，导致约瑟夫。约翰斯顿在杰克逊城大败，并让维克斯堡也陷入了危机。
幸亏中国人及时出手，这才扭转了局势，但却反而让彭伯顿因此成名，成了一个大英雄，他约瑟夫反而因为失败，则沾染了不光彩的阴影。
在之后的日子里，约瑟夫。约翰斯顿一直在试图整顿军队，再也没有向北方军发起过主动进攻，但中方的远征军却连续进击，接连不断的把北方军剿灭，导致最后约瑟夫。约翰斯顿想找北方军打仗都找不到人了。
就在整个西部战区都差不多肃清的时候，戴维斯政府忽然解除了约瑟夫。约翰斯顿的西部战区总司令职务，改为由约翰。贝尔。胡德将军担任总司令的职务。
很显然，