要任务之一。可人类的战斗方式一直都是由近距离缠斗向远距离对战发展。因此在人类进入宇宙时代之后，发生登舰作战的次数屈指可数。不过战舰的设计理念并未因此而受到影响，所以任何一艘战舰都不会缺少舰内防御系统。
通常舰防系统对付的是未经授权擅自登舰的人员。不仅是战斗中登舰的敌方突击队员，其他任何不属于这艘战舰的人员都会被舰防系统揪出来，包括己方的人员也是一样！
这样做，可以最大限度地保证战舰的安全，避免间谍潜入战舰。
而半生物战舰上的舰防系统，对付外人只是次要任务，最主要的任务，是控制战舰的生物部分，避免生物计算机意识觉醒造成不必要的损失！
叶飞启动舰防系统之后，储存生物计算机“大脑”的密封舱突然打开，泡着大脑的营养液直接暴露在空气之中，几支末端安装着注射装置的机械臂从各个方向挪向大脑，巨大的注射装置深深地扎入大脑深处，强力神经毒素瞬间释放，数以亿万计的神经元在毒素的作用下迅速死亡，刚刚还活生生的大脑在极短的时间内陷入麻痹状态，只用了几秒钟便彻底死亡。
做为生物计算机的本体，种源号的大脑不仅承载着战舰的控制系统，也是整个生物体系的控制中