海军的改革动作比较大，设本土舰队和海外舰队，本土舰队下设三大舰队，北海舰队，驻泊旅顺、胶州、天津、仁川等港口，大小战舰三十艘，其他配合船只五十五艘；东海舰队。驻泊华亭、长崎、佐世保、那霸、高雄等港口，大小战舰三十三艘，其余船只百余；南海舰队，驻泊广州。大小战舰十六艘，其余船只三十余。海外舰队则规模较大，甚至可以说是大明海军的主力战舰的汇聚。兴海舰队，夏威夷舰队，北美舰队，印度舰队。淡马锡舰队，澳大利亚舰队，苏伊士舰队，欧洲舰队。这些舰队的规模大小不等，比较大的如兴海舰队，大小战舰新锐大型战舰三十艘，可以说这是这个地区的巨无霸，谁来都能灭了他。小的如淡马锡舰队，一共加起来只有五条一千吨级别的战舰，任务就是守着海峡。这次整编的重点，还是北美舰队，从最初的一个小型的舰队，扩编为一直包含两千吨级别战舰十五艘，一千五百吨级战舰二十艘的大型舰队。舰队司令为北美金山总督李恒担任，北美最大的也是最繁华的殖民地金山新总督，由戴志远接任。
海外舰队是一个统称，各舰队之间互不统属，原则上归海军部统一指挥，不过现在大明这个交通手段太落后，基本上是各自为战的一个局面。大明尚且如此，别的国