英国探险队员跟当地的土著人起了冲突。终年仅50岁！同时遇害的还有四名大不列颠海军陆战队员，另有两名海军陆战队员受伤。
库克虽为岛上土著杀害，但死后尸首却获得当地部族首领和其他长老保留，他们还以部族首领和最高长老专享的规格，为库克举行丧礼。毕竟之前库克被土著人当成了神，他在一个很巧妙的时间来到了檀香山群岛。在丧礼中，库克尸身的内脏被悉数移除，尸身然后再被烘烤，以便除去肉体；至于剩下的骨头则被小心清洁，以便保存下来作宗教供奉。库克死后，决心号舰长一职改由发现号舰长查尔斯·克拉克出任，而克拉克的遗缺则由决心号一级上尉约翰·戈尔替补。
发现了两边冲突的中国商人对英国人伸出了援助之手，他们成功的缓和了英国人与岛民的紧张关系，并且从土著人手中索回了库克的部份尸骸，当中包括已经损毁变形和难以辨认的头部、以及被切断的双手，和疑似属于库克的颌骨和双脚。库克的尸骸随后由船员安放于一道棺木内，然后举行了海葬。
之后决心号和发现号在克拉克的指挥下重新出发，再一次前往东山海峡【白令海峡】，试图继续履行库克寻找西北航道的任务。可是克拉克自己却在距离堪察加半岛不远的海域因结