只是那不勒斯下层民众非常虔诚和忠君，拥护波旁王朝【革命政府对一神教是不那啥的】，历史上的他们极度反抗那不勒斯的共和政府，因此而引起了内战。
但现在的那不勒斯共和党人占领了圣埃尔莫城堡，宣布成立共和国，受法国军队护。更准确地说，他们受拿破仑的保护。
但那不勒斯共和政府的统治依旧摇摇欲坠，并不稳固。一个国家民众才是基础。
纳尔逊被迷惑了，他判断拿破仑会率领军团在那不勒斯登陆，震慑当地的反对派。毕竟拿破仑在意大利地区享有巨大的利益，他不允许受自己庇护的那不勒斯共和国倒台，这会大大影响他的威望的。
于是，纳尔逊命令舰队拉起所有的船帆，取最短的航线，直奔那不勒斯，想不等法军登陆便把他们消灭在大海里。结果纳尔逊舰队的主力在那不勒斯海域徘徊的时候，拿破仑舰队正在马耳他岛停靠休息呢。
马耳他岛位于地中海中部，是大西洋通往地中海东部和印度洋的交通要道，也是地中海最好的港口。当时岛上有居民3万人，由耶路撒冷圣约翰骑士团据守。法国舰队抵达该岛，拿破仑立即派兵登陆。岛上的骑士只作了些象征性的抵抗便投降了。拿破仑宣布此岛为法兰西共和国领土，