立即就重用王允，以大将军府从事中郎，转任河南尹。
刘风在洛阳的时候，和王允没什么交流，就是何进被杀的第二天凌晨，他遇见过王允，一起进入北宫。而在那之前，刘风刚刚遇到任红昌。
前面这些王允的履历，刘风毫不在意，他对王允的佩服，是从董卓入京开始的。
董卓进京之后，大权独揽，诛杀了许多反对的大臣，但王允却隐忍下来，表现的很顺从，因而官路亨通，一路从太仆、尚书令升至三公，代杨彪为司徒，而董卓更是把朝政之事都让他处理——当然只是一般事务，决定大权的还是董卓。
史书上说他“矫情屈意，每相承附”，董卓因此很信任他，从不怀疑。但王允就在董卓的眼皮底下，悄悄的进行着自己的小动作。
他秘密与黄琬、郑泰等一大批官员合谋诛董，基本上，董卓任命的三公九卿全部在内。他还曾以讨伐袁术的名义，建议董卓，以护羌校尉杨瓒行左将军事，执金吾士孙瑞为南阳太守，领兵出武关，实际上是为了分兵讨伐董卓，但后来可能董卓觉得不妥，就拒绝了这个建议，但对王允的信任依旧不减。
王允在董卓手下，隐忍两三年，终于抓到机会，策反了吕布，一举将董卓诛除，拨乱反正。