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于是公孙轩辕征师诸侯，联合各部落的军队在涿鹿之野与蚩尤展开了一场旷世大战。战争的结局是公孙轩辕领导的部落联盟彻底击溃了蚩尤部落，禽杀蚩尤。此后公孙轩辕的威望直线上升，中原各部落顺时应势共同推举他为天子，正式取代神农氏而成为天下共主，是为黄帝。
《史记》说黄帝部落迁徙往来无常处，以师兵为营卫，似乎是游牧部落的写照。炎帝的帝号与火有关，有人称其为烈山氏，也许有放火烧山、开荒种植的意思，应该属于农耕部落。蚩尤在东夷，历来传说他掌握金属兵器，比较先进，可能也是农耕部落。
事实上，当时农耕与游牧可能并没有截然分开，只是比重各有大小而已。因此阪泉之战是牧人与农夫之间的战争，即游牧文明与农耕文明的冲突；而涿鹿之战则反映了华夏族群与东夷族群之间的对抗。
神农氏并不是一个确定的人物，而是一个超越部落概念、延续几百年甚至上千年的部落共主世家，类似东周时的周王室，后来则代指神话时代末期、传说时代初期的一段历史时期。
炎帝、黄帝、蚩尤都是神农氏时期的英雄人物，因此从大概念上来说，他们都属于神农氏，只不过代表了不同的族群。在共主势力衰微的