是陈永华给他们安排的最好去处——对此郑克臧虽然有些意见，但禁不住陈永华的坚持，再加上朱锦也有粉饰太平的意图，因此也就答应了，反正多养几个米蠹也不会吃穷了偌大的台湾。
好不容易把人分派下去了，郑克臧又提议在万年州以南设置一个新县，后经朱锦批示，定名为凤山，治所在打狗港（注：即高雄港）——这一次郑克臧坚持了自己在沿海设治的主张，鉴于打狗的位置在安平以南，没有被清军利用的可能，陈永华默认了他的要求——以刑官柯平之子、娶了朱成功养女柴氏为妻的大将军仪宾柯鼎开为首任凤山知县，此时凤山共有户口五千户，境内分为四里，另有番社十四。
当然地方政务只是郑克臧参与藩政的一部分，郑克臧更多的精力集中在整军之上。此时郑军除童子军一镇和勇卫军四镇以外悉数残破，个别的镇甚至只有不到百人的残余兵员，已经到了不加以整顿不可收拾的地步。
于是郑克臧请旨以刘国轩为总督，总管陆师整编，进一步裁撤残破各镇，分置汛兵，到了五月中，陆师初步整顿完毕，此时郑军主力除童子军以外包括勇卫军四镇在内尚有二十九个卫、镇计二万余人，另外还有三千五百名官兵分为二百五十九个汛，分守诸罗、凤山等地戎镇社番、绥靖地方。