当然，同盟政府并非已经完全沦为了联邦政府的囊中之物。在辛纳斯前哨被击破后，来不及返回首都星系的两支同盟舰队便同时转向离开了辛纳斯航道，在面对数量优势过于明显的联邦舰队时，他们终究选择了暂时的回避。两支舰队自威兰纽特防区方向离开航道，向着同盟政府另一方向的纵深处驶去。这两位离开首都星航道的指挥官就是前总指挥路昔鸣的侄子路非，以及另一位年轻将领哈兰.比格尔少将。离开战区的两支同盟舰队也为这个存在了几百年的民主政权留下了一点希望的火种。
在占领同盟政府之后，联邦政府立刻开始着手几项行动。其一便是在克兰伊尔肯—威兰纽特航道周边四个星系进行军事统治。其主要措施是开始筛别原住民的基因结构，联邦政府宣布，只有纯基因人才可以在此处继续居住。这虽然是一个浩大的工程，但是为了将爆棚的联邦人口进行迁徙，这项工作不得不尽快展开。同样的，这也是一项同化同盟政府国民的手段。
联邦政府占领同盟后的第二项行动便是在全同盟范围内秘密围捕曾经参与基因研究的科学家们。尤其是在首都星系辛纳斯星系，一时间，辛纳斯这个曾经美丽的星系完全笼罩在阴霾的恐怖气息之中。街道上，天空中到处可见呼啸着掠过的装甲掷弹