月，朱玫、李昌符在凤翔立嗣襄王权监军国事，朱玫自己把持大权，引起李昌符不满，上表投向僖宗。这场变乱的形势悄然发生了变化，朱玫谋逆，已为天下所不容。朱玫派部将王行瑜进攻兴州，感义节度使杨展不敌弃镇，“走据文州”，形势十分严峻。僖宗不得不又命保銮都将李挺，扈跸都将李茂贞、陈佩屯大唐峰，以抵御王行瑜。九月，朱玫部将张行实攻大唐峰，被宋文通、李挺等率部击溃。紧接着，金吾将军满存再次攻占了早先放弃了的兴州。十二月，神策诸军又收复了凤州，由满存出任凤州防御使。战争的主动权开始转移到中央军手中。
王行瑜因为屡次战败，“恐获罪于(朱)玫”，故而先发制人，自凤州回军杀掉朱玫，投靠了中央。倒戈的邠宁将领王行瑜代替朱玫继任静难军节度使。朱玫所拥立的伪帝襄王，亦被河中节度使王重荣诱杀。朱玫之乱终以“下克上”的闹剧形式而告终。
光启三年正月，即在朱玫之乱平定后，宋文通因功晋封检校尚书左仆射、洋州刺史、武定军节度使，进爵陇西郡公。《旧五代史》本传更是称“朱玫之乱，唐僖宗再幸兴元，(宋)文通扈跸山南，论功第一，迁检校太保、同平章事、洋蓬壁等州节度使，赐姓，名茂贞，僖宗亲为制字日正臣。”在这次变乱