3月召开罗马宗.教会议，再次废掉亨利四世的教籍和帝位。然而，重振起来的亨利四世针锋相对，于同年6月在布利克森召开宗.教会议，宣布废黜格列高利七世，推选其死对头拉文纳教区大主教威伯特为教皇，称克雷门三世（1080—1100在位），形成罗马城两个教皇对峙的局面。10月鲁道尔夫战死，亨利四世的地位空前稳固。他决心除掉格列高利七世，1081年率军进入意大利，围困罗马城达两年之久。格列高利七世被迫向诺曼人求救，援军未到，罗马城已被攻破。教皇克雷门三世在圣彼得大教堂为亨利四世举行了皇帝加冕礼。5月诺曼人军队进入罗马，德军北撤。
1099年帕斯卡尔二世（1099—1118在位）继任教皇，为争夺主教叙任权与亨利五世发生尖锐矛盾。1110年亨利五世进军罗马，迫使教皇让步。1111年双方达成协议，皇帝放弃主教叙任权，教皇放弃政治和经济权益，然后，教皇为亨利五世加冕。这个协议遭到德国主教们的激烈反对，他们拒绝交出自己的政治经济特权。教皇被迫撤毁协议，德皇大怒，下令囚禁教皇和枢机主教，强迫教皇为他加冕，并交出象征授任神职权力的权杖和权戒。然而，教皇迫于克吕尼改革派的愤怒抗议和强大压力，又于111