（1212—1250在位）为德意志皇帝，德国政局完全落入英诺森三世之手。趁此时机他进一步扩大教皇权势，干预西欧各国内政，迫使法王腓力二世、莱昂国王阿尔聿斯九世，葡萄牙国王桑乔一世、波兰国王拉季斯拉夫等先后臣服。当英王约翰拒绝教皇任命的斯蒂芬.兰顿为坎特伯雷大主教时，英诺森三世宣布废黜英王，并以组织十字军相胁。英王被迫屈服，自认教皇附庸，同意每年向教皇纳贡。随着英王的臣服，教皇的权势达到顶峰。
英诺森三世还多次组织十字军东征拜占庭，击溃东正教会，镇压法国南部的异端阿尔比派，侵略波罗的海沿岸的斯拉夫人。兵锋所至，教皇势力随之扩张，对各国人民征收名目繁多的教会捐税，并开始大量销售赎罪卷，使大批财富不断流入罗马。此外，英诺森三世还积极支持托钵修会的建立和发展，宣传“清贫福音”，试图克服教会中滋生的腐朽倾向，瓦解异端运动，从精神上解除人们对教会的不满情绪。为巩固罗马教会的权威地位，英诺森三世还修订了教法规。
1216年英诺森三世去世，教皇洪诺留三世（1216—1227在位）即位。1220年腓特烈二世由教皇加冕称帝，他全力建立中央集权，镇压意大利北部的封建主叛乱，削弱贵