实际上形成了一个以克吕尼修道院为首的克吕尼修道院系统，成为一种宗.教势力和政治势力。
随着克吕尼派势力的曰益增强，其改革目标已不仅仅局限于修道制度的改革。在克吕尼修道院长奥蒂罗（994—1048）在任期间。为了扼制封建领主之间、修道院和封建领主之间以及修道院之间经常为经济利益发生的武装冲突，提出“上帝的休战”口号。规定从星期三早上到星期一早上纪念教堂受难，期间一切暴力行为将受教会严厉惩罚。但并未得到真正的实现。同时，克吕尼运动还普遍地反对神职人员的腐化行为，坚决抵制当时教会中盛行的用金钱等卑鄙手段谋取教会神职的“西门主义”和破坏神职人员独身生活，为娶妻纳妾做辩护的“尼古拉主义”，积极整顿教规，严格戒条，强调神职人员必须过禁欲生活，反对教会世俗化，也反对封建主控制教会以及神职人员家族把持教权和教产。以防削弱教会的力量。克吕尼派试图通过这些改革提高教会地位，增强同世俗统治者争权夺利的实力。
克吕尼运动开始时，多数人并不反对君王委任神职人员，但到11世纪中叶，克吕尼派人士则把君王委任神职看做与平信徒委任神职一样是买卖神职，认为君王篡夺了神职叙任权，试图夺回叙任权，