旌等人谋废灵帝，邀请曹操同反汉帝，曹操拒绝。
188年，曹操被任命为拱卫京师洛阳的西园典军校尉。
189年，董卓入朝专权，表曹操为骁骑校尉，曹操拒绝董卓拉拢，易名出关，中途被捕，后被释放，至陈留招揽义兵，准备讨伐董卓。十二月，曹操起兵于己吾县（今睢县东南），兵卒五千人。
190年正月，袁术、韩馥、孔伷、刘岱、王匡、袁绍、张邈、桥瑁、袁遗、鲍信响应号召同时起兵讨伐董卓，推袁绍为盟主，曹操任奋武将军。二月，董卓火烧洛阳、迁都长安。诸侯联军观望不前，唯曹操孤军奋战，败于董卓部将徐荣，曹操中箭伤，力战得脱。诸侯联军分崩离析后，曹操拒绝袁绍拉拢，开始独立发展势力。
191年，曹操引兵于东郡，大胜黑山贼白绕于濮阳(今河南濮阳西南)，袁绍表曹操为东郡太守，治东武阳。
192年春，曹操剿灭黑山贼和匈奴于夫罗部。鲍信等人至东郡迎曹操领兖州牧，曹操进兵攻打黄巾于寿张（今山东省东平县西南）之东。冬，曹操收黄巾军降卒三十余万，号为青州兵。袁绍袁术兄弟不合，公孙瓒协助袁术，命刘备屯高唐，单经屯平原，陶谦屯发干，曹操与袁绍合力攻打三路军马，获全