降的郑芝龙优待有加，芝龙数次奉令命郑成功归顺，郑成功均坚辞不受。
顺治十二年，郑芝龙被弹劾纵子叛国，乃削爵下狱，顺治十四年，提督黄梧上疏，力主叛臣之家族应当逐出帝都，乃被命充军盛京宁古塔，唯未果行。
顺治十七年，福建巡抚佟国器截获郑芝龙与郑成功‘私’信，议政王大臣会议遂以通海罪名拟定将郑氏斩监候，改为流徙宁古塔。
顺治十八年。顺治帝驾崩，十月，辅政大臣苏克萨哈矫诏令斩郑芝龙与其亲族于燕京柴市。就这样，郑芝龙背负着汉‘奸’的骂名不光彩地死了。
后人说起来郑成功不顾老父死活反清一事，都回竖起大拇指，说声：“国姓爷大义灭亲，真忠臣也！”其实，主要是父子二人的感情实在有些淡薄。
否则，当初郑芝龙叛逃去北京的时候，郑成功也不会说出“若父亲一去不回，孩儿将来自当为父报仇。”的话，从这句话中可以看出，郑成功是不会因为父子感情的束缚而投敌的。即便是将来在战场上相逢，估计国姓爷也不会手下留情。
……
郑森这孩子正因为有这样的‘性’格，郑芝龙非常担心。担心他受了孙元的鼓‘惑’，不顾一地返回保定，从新掌握镇海军