城外绕了一圈，确信城内没有人之后，明军很快离去。数天之后，一支支的明军从科布多经过，依然没有停留多久，这些军队有的往南，那是迪化（注今乌鲁木齐）方向；有的往北，那是唐努乌梁海；有的继续往西，那是塔尔巴哈台方向。
直到数月之后，一支近千人的汉人移民来到这里才驻扎了下来，很快，一座新的城堡就会在这里建成。
弘光二十一年的四月，明军占领了科布多这个重要通道后，加快了对西北方向的占领，五月占领唐努乌梁海，六月占领了别失八里，七月份，明军推进迪化。
占领迪化后，明军没有再继续推进，而是在迪化驻扎了下来，开始对迪化城进行加固，到了八月，一支二千余人的汉民从中原迁移了过来，这些汉民将在迪化安家落户。
失去迪化后，准噶尔分成了两部，西域与青海顿时失去了联系，而和西藏的联系也变得困难起来，噶尔丹才知道，明军不但对漠南有兴趣，对漠北、西域的土地也有兴趣，万般无奈之下，噶尔丹又遣人向明军请降，重提称藩的要求。
准噶尔汗国的使臣在南京尚没有回去，只是南京与西域太远，王福直接下旨让驻扎在迪化的大将李元胤与噶尔丹展开谈判，经过双方讨价还价，于十