执掌者教主之下，分设十二红衣主教。红衣大主教日穿神服，以衣服颜**别其地位。他们分别为中书主教负责执行国家的重要政令；尚书主教负责审核政令;中书主教负责草拟和颁发皇帝的诏令；百工主教负责百工之事；人事主教负责神仆任免；安民主教负责百姓民生；公义主教负责国内案件办理；惩戒主教负责内守外征等兵事；天礼主教则负责教义传播和对外交流。这九位红衣主教既想当于中书省、尚书省、门下省，工部吏部户部刑部兵部礼部，最高长官。
除此之外，栾奕还增设了洞察主教，既主要负责情报收集；营收主教，负责教会产业经营；以及监察主教，负责监督各权力机构运行。
只可惜这十二红衣大主教之位暂时几乎全部空缺，仅有毛玠一人领衔安民主教，料理济南国信徒日常生活诸多事宜。
十二红衣大主教之下设有正副宗主教各一人，负责一州之地的教会事务；宗主教之下则是正副郡国主教各一人，负责一郡或王国传教事宜；郡国主教之下则是大主教，负责一县；大主教之下还有区主教，则就落实到了多存结合的一片区域；区主教手下还有神父、神仆若干……
有了这套体系，圣母教便不再是个简单的宗教组织，而是一个名副其实的