，林凡也将朝廷机构进行了调整，正式启用六部制度，只是这个六部并非历史上的六部，而是经过林凡魔改后而成，他们分别为内政部、科教部、行政部、军务部、吏治部、财政部。
六部中，吏治部为管理文职官员的机关，掌品秩铨选之制，考课黜陟之方，封授策赏之典，定籍终制之法；下设文选司、验封司、司勋司和考功司。
文选司掌考文职之品级及开列、考授、拣选、升调、办理月选；验封司掌封爵、世职、恩荫、难荫、请封、捐封等事务；司勋司掌文职官员守制、终养、办理官员之出继、入籍、复名复姓等事；考功司掌文职官之处分及议叙，办理京察、大计。
由叶适当任吏治部尚书；郑清之为文选司郎中，蒋重珍为文选司员外郎；杜甫为验封司郎中，李宗勉为验封司员外郎；徐应龙为司勋司郎中，乔行简为司勋司员外郎；葛洪为考功司郎中，徐侨为考功司员外郎。
内政部如其名，负责内政一应事务，监察司掌监察百官之权，可弹劾文武百官；户籍司掌全国疆土、田地以及户籍；治安司掌制定法律并进行宣传、管理；提刑司掌督捕逃亡事之徒，掌核秋审、朝审各案并储存各地衙门的重要部分文书。
内政部尚书一职尚未决定，柳下惠为监察司郎中，