前宋秘书省正字魏了翁为监察司员外郎；前宋秘书省校书郎宣缯为户籍司员外郎，王居安为治安司员外郎；宋慈为提刑司郎中，洪天锡为提醒司员外郎。户籍司郎中孙德胜，治安司郎中许贯忠职位不变。
科教部管理全国学校事务及科举考试，下设科学司，负责天文研究以及科学制造；文化司，管理人文地理，宗教、名人祠的修建与弘扬；教育司，管理各地太学及各地私学乃至科举，各地学校开办教学必须有文教司允许；卫生司，掌宫廷医药的储存，为皇室诊疗事务，并向全国传授医学教育及医药管理。
科教部尚书由在同耶律楚材的赌约中，面对庞大的公文事物，而认知到自己能力有限，从而卸任见习丞相之职的李白担任，科学司郎中，则由唐时著名的大科学家僧一行担任，南宋时著名的大数学家秦九韶担任科学司员外郎；值得一提的是，僧一行和秦九韶这两位顶级人物，都是由丞相耶律楚材千方百计请来的。秦九韶还好，但是僧一行，耶律楚材差不多跑断了腿，用尽了浑身解数。最后林凡在回到都城后，也第一时间亲自出面拜见。这才留下了这位早已遁入空门的奇才。
教育司方面，左丘明教育司郎中的职位不变，前宋旧臣江万里任教育司员外郎；文教司郎中王维职务不变，前宋