在锦衣卫镇抚司手中，门达身为长官，势必被天下人怨恨。于是，他出了个主意，以案情重大为名，将案子推了出去，交给三法司会审。门达虽然也想奉迎重新登位的明英宗，但仍然害怕在历史上留下骂名，于是听从了谢通的建议。
三法司会审应该由刑部主审，但刑部尚书俞士悦一向与于谦交好，且已被逮捕下狱，案子辗转到了都察院都御史萧维祯手中。法司给于谦、王文二人定的罪名是“意欲”迎立外藩——欲立襄王朱瞻墡长子为帝——意图谋逆。虽无实迹，其意则有，同样可定罪，于谦、王文因此备受酷刑。
于谦冷静而从容，似乎早预料到一切。王文则不胜其愤，极力辩解道：“按照祖宗成法，迎立外藩必须有内府的金牌和符信；派遣使者，必须用兵部发的马牌。这些事只要到内府兵部一查便可明白，岂能平白无故地诬陷？”
兵部主管马牌的是车驾司主事沈敬。沈敬却是个硬汉子，不肯作伪证，当场指出兵部从未发出马牌。而内府所存召取襄王的金牌符信早就被孙太后拿去，一直在后宫中。大家心中有数，如果真的查验，反而应验了王文的话。
王文见占了上风，更加据理力争。堂上堂下吵得不可开交时，于谦却笑道：“石亨等罗织锻炼，辩之何益？”