吏部统计了空缺的官员数量以及职位，发现有不少官位都是光拿俸禄不干事的, 深觉官僚机构冗长, 便借此机会裁撤取缔了部分官职。
中央机构主要是由内阁以及六部构成，内阁中有六位大学士, 分别为左凛、魏昌延、王思平、赵瑾、上官铭、南宫彦，其中魏昌延和赵瑾均是苏锦楼的心腹，内阁大学士官居正五品, 品阶不高, 但内阁作为皇帝的秘书机构，大学士的地位超然, 不是一般的五品官能比的。
六部则是吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部，六部最高长官为尚书, 副职则为侍郎。
除了六部以及内阁，旧朝还有九寺，即：光禄寺，太仆寺，太常寺，宗正寺，大理寺，卫尉寺，鸿胪寺，少府寺，太府寺。
苏锦楼改御史台为都察院，将刑部、大理寺和都察院并为“三法司”，凡是大晋朝内的重大案件，如判了死刑绞刑等类似刑事案件，必须先经过刑部审明，送至都察院参核，再送大理寺平允。
又将主管司膳的光禄寺，掌舆马畜牧之事的太仆寺以及主掌宫中服饰衣物的少府寺一同并到了内务府，把执掌宗庙礼仪的太常寺和负责赞导相礼的鸿胪寺合并到了礼部，把掌钱谷金帛货币的太府寺并入了户部，改宗正寺为宗人府，改卫尉寺为銮仪