队伍，准备自保抗贼。崇祯九年的时候，风传张献忠要打应城，城内的官绅富户们纷纷逃进他的水寨避乱。
潘独鳌先是婉言拒绝，后开出条件：凡来水寨避乱者，壮丁入队列听候调遣，准备持械御敌，老弱者每人每天交二两纹银作为生活费，妇女则需交四两纹银才能进寨；来人所携金银细软一律交水寨保管。不得私藏。
潘的这种做法得罪了不少人，后来县里便向潘募捐一万两，然后给他一个教官头衔。结果潘一开始不肯给，后来答应捐出五千两，双方讨价还价，最后县里许多乡绅又告渊强占他人族产。知县一怒之下，将潘收入监牢，最后潘家变卖一半田产，上下打点才将他赎回。
潘因此怀恨在心，回家后等待时机，后张献忠终于杀到附近，潘独鳌主动前去见张献忠，表示愿意归顺，并对张献忠说应城官多财厚。可供军饷，引着张献忠的大军攻破应城。城破之后，潘独鳌将当初告他的那些官员乡绅，凡有仇之家，无不杀尽。
潘独鳌引张献忠军入应城，屠城八日，杀死了三万七千余人，应城县付之一烬。焚毁一空。
潘入张献忠帐下后，曾劝张献忠当取巴蜀为上策。据江南为中策，继续流窜扰乱中原为下策，向张献忠提议打进四川割据