州大举用兵，平定播州叛乱后，实行改土归流，把播州一分为二，一部份归入四川，一部份归入贵州，将原土司之地设府置县，派任流官。
明贵州地方官经此后，与土司关系越发紧张。
在万历、天启、崇祯年间，四川永宁宣抚使奢崇明叛乱，攻占重庆、遵义，水西宣慰同知安邦彦挟持宣慰使安拉响应，攻占了毕节、安顺、贵阳及云南沾益等地，杀死明巡抚。
奢安之乱，比播州之乱造成的破坏还大，贵阳被攻破后，更有十余万百姓被杀害。这场混乱，持续十余年，大规模交战九年，死伤百万。
后来奢崇明、安邦彦战死，安位因年幼得免，被迫献水外六目归降。明遂改贵州宣慰司为水西宣慰司，仍以安位为宣尉使，并规定其不得干预军民两政，安氏辖区和势力大为缩小。而水东宋氏则被革除土司，水东划为贵阳府管辖。
大汉立国后，水西一直态度不明，尤其是水西还趁汉代明之机，进入了水东，占据了贵阳。
这次刘侨出兵，皇帝特意让他先入贵州，就是要这些人表示臣服。
当年明王朝初立之时，奢香夫人事件，明朝开了个头，但最后不了了之。之后二百余年，虽然汉人不断的向西南扩充，可实际上地方上依然是这