粉碎了倭国侵入朝鲜半岛的野心，倭国天智天皇深恐刘仁轨率唐军进攻本土，自公元664年开始，在国内耗费巨资，修筑了4道防线，以备唐军。
此前，百济首领沙吒相如、黑齿常之在苏定方回军后，招集亡散士卒，各据险地响应百济残军，白江口海战后，他们深知百济复国无望，各率所部归降。刘仁轨好言安慰他们，然后让其各自率军攻打任存城，并准备派唐军相助。
孙仁师认为：“相如等兽心难信，若授以甲仗，是资寇兵也。”刘仁轨却不以为然，说：“吾观相如、常之皆忠勇有谋，感恩之士，从我则成，背我必灭，因机立效，在于兹日，不须疑也。”
于是发给黑齿常之等粮食和武器，分兵相随，遂克任存城，至此，百济皆平。
此时，唐高宗召刘仁愿、孙仁师回朝，令刘仁轨领兵镇守百济。百济经过多年的战乱，“合境凋残，僵尸相属”。
为此，刘仁轨采取一系列措施，来安定民心，恢复社会秩序：掩埋骸骨；登记户口，任命官长，治理村落；修路架桥，修补堤堰，恢复陂塘，督促百姓种田养蚕；赈济百姓，赡养孤老。
很快便医治了战争所带来的创伤，使百姓安居乐业起来。然后刘仁轨又屯田积粮，训练士卒，做好攻打高句丽的准