法只是南京兵部尚书，从理论上来说，商毅、左良玉、黄得功、刘良佐、马科都受吴甡的节制，史可法管不着，而论私，吴甡比史可法大，过去还是史可法的上司，因此史可法也只能听之任之。
本来商毅是打算跟着船只缓缓而行，接到吴甡的催檄之后，也只好加快进度，因为想在浙江立足，在一开始还是要得到吴甡的支持，而且在浙江的局面也确实很紧了。于是商毅命令周少桓和罗远斌两人守护着船队，继续慢行，自己带着三团和骑军营放弃辎重，率先赶到南京，去给吴甡壮胆。并且又命段鹏带一个侦察连，立刻改扮为平民样子，潜入浙江内部去打探消息。
分配之后，商毅带着成进、成钢、杨武丞等人出发，一路急赶，于九月十三日到达南京。
南京古称金陵，襟江带河，依山傍水，钟山龙蟠，石头虎踞，山川秀美，古迹众多，素有“六朝古都”之称，是一座历史名城，而且明朝的官话并不是后世的北京普通话，而是南京话。
由于职业习惯，在进城的时候，商毅留意观察一下南京的城防结构，南京城门素有内十三、外十八之说，内十三是指原来在城墙上依次所开的十三座城门，都与市内大街贯连，街道纵横交织，主次分明，井然有条。
但由于南京城墙依