地势而建，位于东郊的皇宫紫禁城就离钟山太近，于军事防守十分不利，因为弥补和加强南京京城防卫，在洪武二十三年（1390年），朱元璋又下令利用应天府城外围黄土丘陵，建造60多公里长外围土城，这座外城呈菱形，西边外郭城垣未合围，留下南北两豁口分别延伸至长江边。共计又开出十八个城门，此即为一般所说南京“外城门十八”。不过在商毅穿越之前的那个时空里，南京的这座外城早已被毁，但人们仍然使用这些城门名称来作为当地的地名。
南京城是依水而建的，只有东南两面为陆地，北有玄武湖，西有秦淮河，都可做南京的屏障，而且在南京的地外，除四周山川的天然屏障外，还修建了六座卫城。又经历数代的修健之后，防御结构设计得很合理。整座城市还分为内城、外城两部分，一但外城失守，守军还可以退入内城，继续抵抗敌人的进攻。
外城有长墙围护，城墙高大，普遍都在四丈以上，十分坚固，外围城墙宽达五丈，可容多骑并排而驰，不仅可以放置床弩、投石器、火炮一类的大型城防武器，而且分为上下两层，守军在下层，弓弩手在上层。既使敌人攻上城墙，也可以由下层的守将迎战，弓箭手可以在上层从容利用城墙上的掩护，与敌军周旋。而城楼更加宏大，高