更为重要，因为江淮失守，还有长江防线，而南京一失，浙江就会直接面对清军的兵锋，因此在杭州的最后一次军事会议，不仅是统战部的成员参加，就连周世奇、王夫之、李松晨这些行政部、文书司的人员也都参加。包括叶瑶瑱也出席了这次的会议。
现在在江南驻守的，是第一军和第三军，总计有兵力八万人左右，另外还有四个预备旅。商毅在军事会议上正式决定，由自已率领第三军进驻南京驻防，付责内线作战，而成进带领第一军付责外线作战。驻守长江口的第四分舰队也逆江而上，到南京的金川门附近驻扎，以便于从长江上支持作战，并切断清军的渡江路线。而留守杭州湾的第一、五分舰队暂时驻守待命。
第三军由一个步兵师和一个步兵旅、一个骑兵师和特种兵旅组成，总计兵力三万五千人左右。因为这次的作战任务是驻守南京，主要的战斗模式是巷战和守城战，因此骑兵的作用并不大。商毅也决定，不带骑兵师进南京，将骑兵师中的两个团交给第一军指挥，剩下的一个团留守在杭州。这样实际进入南京的兵力，只有二万五千人左右。同时商毅也把江南战区的总指挥部设在南京。
而第一军是商家军中实力最强的一个军，共计有三个步兵师，二个步兵旅，合计兵力超过四万