，皇船在设计的时候就用隔舱板把底部的船舱分成了一个个舱区，类似的船舱至少多达十多个。
另外为了提升船只的抗撞能力，皇船的船队还在隔舱板与船壳板用扁铁和钩钉相连，船壳板局部则由三层薄板叠合而成非常坚固。由于船舱与船舱之间用隔舱板严密分开，因此在远洋航行中，即使有一两个舱区破损进水，水也不会流到其它舱区。因此从船的整体来看，仍然保持有相当的浮力，不致沉没。
远处航行，遇到海盗是难免的，可是如果海盗看到这么百余艘战船组成的船队，恐怕早就吓的屁滚尿流，一溜烟就跑了，全部船队为了承受纵向总弯曲力距，采用层层厚板，叠积层累，加厚船板，大大加强了船体的结构强度和抗撞性能。
船有四层，船上9桅可挂12张帆，锚重有几千斤，要动用二百人多才能启航，一艘船可容纳上千人。
最下面的一层是个长80米、宽36米、高2米的大型货舱，是载货和食物用的，而且船队还有专门负责装载食物、淡水和各种辎重。
最上面一层有船长室，皇帝专用的皇船有三名船长轮流掌舵，还有炮兵和海军的休息室，船舱两侧分别摆放有大炮。
最二层是皇帝专用的，宫女和舞女乐师也在这一层，