庭，进行审理。
等同于都察院的监察院在少卿以下设立负责监察中央及地方的正五品官阶的监察御使二十二人。因为监察御史的人数较多，所以郑克臧特意砍掉了并称“科道”的六科给事中，这样一来监察的责任全部压在了御史的头上，为了让监察院能承担起这副重任，在每名监察御史之下又有四到五员正六品的监察侍御史和相同数目的正七品的监察侍御史里行作为助手。此外，院内同样设负责院务的正四品院监和从四品院丞，管理文书档案的正七品典簿以及正七品至从九品之间的书办若干。
太医院则设立正五品的医宗、从五品的大医师、正六品的一等医师、从六品的二等医师、正七品的一等医士、从七品的二等医士、正八品的三等医士、从八品的一等医生、正九品的二等医生、从九品的三等医生等十个等级的医官，并在民间采用天地良平四个等级区分医生的行医资格，至于院务，同样由院监和院丞等来负责。
在部，院，衙门之上，郑克臧还重新设置了政事堂，政事堂由首相、财相、兵相、律相和内相组成。财相在度支部、盐铁部以及国库、海关、税务诸衙门的尚书、会办大臣中产生；兵相由陆军部和水军部的尚书轮流担任；律相又叫法相，在大审院、监察院和警政、狱政两衙