门的主官中挑选；内相则在内大臣中挑选；首相又分平章军国事和参知政事，前者为正，后者为副，各一员，一般参知政事由邮传部、水利部、学部、礼仪院等不出“相”的部院衙门主官出任，至于首相则在年老重臣中选择。平时各相独当一面，最多与首相商议政务，原来明清内阁的票拟权由各相分刮，以避免一人如张居正般独揽大权。但若遇到重大事件及国策拟定或需要多个部之间沟通处理的事情，则由首相召集在御前先召开政事堂会议解决。
除了这些行政方面的部门以外，郑克臧还将参谋厅改组为枢密院。枢密院设枢密使一人，副使二人，同知一到三人，佥事四人，同佥事三到五人，一等到四等赞画若干人。与宋代的枢密院由文官出掌不同，郑记枢密院是由武官掌握的，但其平时只有向最高统治者建议的权力，并无养军之财和调兵之权，完全听命于最高统治者本人并受制于文官掌握的陆军和水军两部，只有战时才经由最高统治者授权获得指挥部队的权力。
按照郑克臧的设计，今后在各省同样要设立起分院、分衙门、分部，各府、各县也要设置职能相同的地方机构，当然，名称不一定非要这么定，但划细条块，厘清部门间责任是肯定的。不过，由于眼下缺乏足够数目的合格官员，所以只能