还有特殊的船形结构，一般的船底尖上阔、首昂艉高+横舱壁，船形影响船速和船体的平稳。郑和宝船采用的是底尖上阔，首昂艉高的船形。
这种船形在恶劣海面控制平稳的性能较高，而且当时在船的底舱压载了土石，稳定性可以说在当时首屈一指。为了进一步提高稳定性，郑和宝船还使用了梗水木和两舷披水板。这种面向船舷方向的木板可以进一步减小船体向两侧晃动的幅度。
另外郑和宝船还根据不同船型和航区在船的主尺度比例设计上也有所不同，以兼顾快速性和稳定性。大抵运输船更强调平稳，而兵船更强调速度。
郑和宝船的船体结构还有一个当时独一无二的设计就是设有多道横舱壁。用木板将船内隔成不同船舱，并且彼此密封。这样不仅加强了船的结构，而且具有分舱水密抗沉作用。这种设计还有利于分类载货。例如茶叶、丝绸、各国进贡宝物都可以分开存放。
船在海面航行主要靠船舵控制方向，郑和宝船的船舵也有了明显的不同。郑和宝船的船舵采用可以升降式，可以根据需要调整舵叶入水深度。
船在深水区航行，遇到大风浪或者乱流的时候，将舵叶下缘降到船底以下，可以使舵不受影响；而在浅水区航行或者